さらにいつものように</body>の直前(つまり、htmlテンプレートの最後の方になります)に以下のようなJavaScriptを挿入します。

<script type="text/javascript">
<!--
TreeList('commentlist'); /* 最新コメントのツリー化 */
TreeList('tblist'); /* 最新トラックバックのツリー化 */
function TreeList(idName) {
  var treeText = '⇒'; /* ツリー用マーク */
  var objFocus = this.document.getElementById(idName);
  if (!objFocus) return;
  var objLists = objFocus.getElementsByTagName('li');
  var listBase = new Array();
  var listElem = new Array();
  var outText = new Array();
  if (objLists.length > 0) {
    for (i = 0;i < objLists.length;i++) {
      var txtList = objLists[i].innerHTML.split('⇒');
      var flagCheck = true;
      var tempElem = new Array(treeText,txtList[1],'<br />');
      var elemText = tempElem.join('');
      for (j = 0; j < listBase.length; j++) {
        if ( listBase[j].indexOf(txtList[0]) > -1 ) {
          flagCheck = false;
          listElem[j] += elemText;
        }
      }
      if (flagCheck) {
        listBase[listBase.length] = txtList[0];
        listElem[listElem.length] = elemText;
      }
    }
    outText[outText.length] = '<ul>�\n';
    for (i = 0;i < listBase.length;i++) {
      outText[outText.length] = '<li>';
      outText[outText.length] = listBase[i];
      outText[outText.length] = listElem[i];
      outText[outText.length] = '</li>�\n';
    }
    outText[outText.length] = '</ul>�\n';
    objFocus.innerHTML = outText.join('');
  }
}
// -->
</script>

もし最新コメントをツリー化したくない場合(最新トラックバックだけをツリー化したい場合)は、

TreeList('commentlist'); /* 最新コメントのツリー化 */

を削除してください。逆に最新トラックバックをツリー化したくない場合(最新コメントだけをツリー化したい場合)は、

TreeList('tblist'); /* 最新トラックバックのツリー化 */

を削除します。

また、ツリー表示部分のマークを、例えば、└に変更したいという場合は、

  var treeText = '⇒'; /* ツリー用マーク */

の部分を次のように変更します(強調部分が変更箇所)。

  var treeText = '└'; /* ツリー用マーク */

現在、JUGEMの仕様で最新コメントと最新トラックバックはそれぞれ5つまでしか表示されません。従ってあまりありがたみはないかもしれませんが、一応それなりに分かりやすくはなるかと思います。最新コメントと最新トラックバックの表示件数は10件に変更されました。最新コメントならびにトラックバックの表示件数は設定可能になりました。