現在JUGEMのリンク部分は一元的なリストになります。

半角数字 + ##という形式で自在なソートが出来ますが、カテゴリ分けは出来ません。

擬似的ですが、カテゴリ分けをする方法として以下のような方法はいかがでしょうか？

サイト名を[カテゴリ]サイト名に変更する。

この際、半角数字 + ##を入れる必要はありません。リンクは自動的にサイト名でソートされるので、カテゴリごとにまとまって表示されるはずです。

というのが、後ほど触れようと思っているリンクリストのツリー化への下準備になります。

もしカテゴリ内でソートしたいという場合は、少し面倒ですが全体でソートされるように番号を割り振る必要があります。